پایان نامه با واژگان کلیدی دریای خزر، نمونه برداری، ارزیابی کیفی

انتشار نتایج پایاننامه به هر شکل (از قبیل کتاب، مقاله و همایش) با اطلاع و کسب اجازه کتبی از استاد راهنما خواهد بود. نام کامل دانشگاه:
به فارسی: دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان
و به انگلیسی: Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources
در بخش آدرسدهی درج خواهد شد.
در انتشار نتایج پایاننامه در قالب اختراع، اکتشاف و موارد مشابه، نام کامل دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان به عنوان عضو حقوقی در انتهای فهرست اسامی درج گردد.
تعیین ترتیب اسامی نویسندگان در انتشار نتایج مستخرج از پایاننامه و هر گونه تفاوت احتمالی در آن با فهرست مصوب اسامی هیات راهبری پایاننامه با تایید استاد راهنمای اول خواهد بود.
اینجانب امید جعفری دانشجوی رشته شیلات، گرایش بوم‌شناسی آبزیان شیلاتی مقطع کارشناسی‌ارشد تعهدات فوق و ضمانت اجرایی آن را قبول کرده و به آن ملتزم می‌شوم.
نام و نام خانوادگی و امضاء
تقدیم به
روح پاک پدر بزرگوارم،
وجود نازنین مادر مهربانم
و
برادران عزیزتر از جانم
تشکر و قدردانی
سپاس و ستایش مر خدای را جل و جلاله که آثار قدرت او بر چهره روز روشن، تابان است و انوار حکمت او در دل شب تار، درفشان. آفریدگاری که خویشتن را به ما شناساند و درهای علم را بر ما گشود و عمری و فرصتی عطا فرمود تا بدان، بنده ضعیف خویش را در طریق علم و معرفت بیازماید.
شایسته است از استاد گرانقدرم جناب آقای دکتر علی شعبانی بعنوان استاد راهنمای پایان نامه که، همواره با شکیبایی و درایت فراوان، مرا مستفیض راهنماییهای بیدریغ و ذیقیمت خود نمودند، تقدیر و تشکر نمایم.
از استاد مشاور ارجمندم جناب آقای دکتر حامد کلنگی میاندره به پاس کمک‌های بی دریغ ایشان در طی این مسیر صمیمانه سپاسگزارم.
از اساتید محترم ، سرکار خانم ها دکتر حدیثه کشیری و دکتر رقیه صفری که زحمت بازخوانی و داوری این مجموعه را بر عهده داشتند، صمیمانه تشکر و قدردانی می نمایم.
در پایان؛ از خانواده عزیزم که موجب شوق فراگیری بیشتر در من و مسبب اصلی موفقیتهایم میباشند، خالصانه و متواضعانه تشکر مینمایم.
امید جعفری
تابستان 1393
چکیده
شگماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi) یکی از گونههای بومی ماهیان استخوانی حاضر در دریای خزر میباشد که از فراوانی و پراکنش نسبتا بالایی برخوردار است و در سطوح پایین هرم اکولوژیک قراردارد. علیرغم اهمیت اکولوژیکی بالای شگماهیان، هیچگونه اطلاعاتی از ژنتیک جمعیت اعضای جنس Alosa در دریای خزر وجود ندارد. لذا تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی شگماهی خزری (A. braschnikowi) با استفاده از شش جفت نشانگر ریزماهواره (AsaD030، AsaD042، AsaC051، AsaC059، AsaD312 و AsaD392) در سواحل جنوبی دریای خزر صورتپذیرفت. جهت انجام این تحقیق تعداد 140 عدد ماهی از گونه مورد نظر در پنج منطقه انزلی، گمیشان، محمودآباد، میانکاله و ساری با استفاده از صید پره نمونه برداری شد (هر منطقه 28 عدد) و استخراج DNA بااستفاده از بافت باله دمی صورت گرفت. تمامی جایگاههای ژنی مورد استفاده در این مطالعه به خوبی حالت پلی مورفیسمی نشان دادند. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی این ماهی نشان داد که میزان متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 568/0 بود که مقدار متوسط آن در مناطق انزلی، گمیشان، محمودآباد، میانکاله و ساری به ترتیب 524/0، 518/0، 637/0، 500/0 و 661/0 بهدست آمد. شاخص غنای آللی برای مناطق مورد بررسی 63/12 بهدست آمد. بررسی تعادل هاردی واینبرگ در جمعیتها میزان انحراف بالایی را از تعادل در سطح جایگاهها نشان داد و از بین 30 حالت ممکن (شش جایگاه × پنج جمعیت)، 29 حالت از تعادل خارج بودند و انحراف معنیداری نشان دادند. (05/0P). میانگین جریان ژنی و ضریب درون آمیزی محاسبه شده بین مناطق به ترتیب 31/9 و 349/0 بود. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون مناطق را بالا (96%) و میزان تمایز بین مناطق را نسبتا پایین (4%) نشان داد ولی شاخص Rst توانست تنوع ژنتیکی بالاتری را بین مناطق (40 درصد) نمایش دهد. نتایج بهدستآمده در این مطالعه نشاندهنده غنای آللی نسبتاً مناسب این گونه بوده ولی احتمال در تنگنا قرارگرفتن در آینده به‌خاطر ویژگی گلهای بودن آن وجود دارد. بهنظر میرسد احیای زیستگاهها و جلوگیری از صید ناخواسته بیرویه این گونه میتواند در بالا نگهداشتن اندازه جمعیت مؤثر آن مفید واقع شود.
واژگان کلیدی: آلل، تنوع ژنتیکی، دریای خزر، ژنتیک جمعیت، نشانگر ریزماهواره، Alosa braschnikowi
فهرست مطالب
عنوان صفحه
1- مقدمه 2
1-1- کلیات 2
2-1- رده‌بندی 2
3-1- خصوصیات کلیدی 3
4-1- پراکنش و تخمریزی 3
5-1- زیستگاه 3
6-1- سن و رشد 3
7-1- غذا 4
8-1- ذخیره 4
9-1- مطالعه فرا جمعیتها 5
10-1- تنوع ژنتیکی و کمی کردن آن 6
11-1- عوامل مؤثر بر تنوع ژنتیکی 6
1-11-1- رانش ژنتیکی 7
2-11-1- گردنه بطری 7
3-11-1- انتخاب طبیعی 8
4-11-1- روش تولید مثل 8
12-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی 8
1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی 9
2-12-1- نشانگرهای پروتئینی 9
3-12-1- نشانگرهای مولکولی DNA و RNA 10
13-1- سنجش فراوانی آللی 13
14-1- تغییر فراوانی آللی 14
15-1- موازنه هاردی- واینبرگ و دلایل انحراف از آن 14
فهرست مطالب
عنوان صفحه
16-1- آماره F 16
17-1- فاصله ژنتیکی (Nei, 1978) 17
18-1- ضرورت تحقیق 18
19-1- اهداف 19
20-1- فرضیهها 20
1-2- مروری بر مطالعات انجام شده در داخل کشور 22
2-2- مروری بر مطالعات انجام شده در خارج از کشور 24
3- مواد و روشها 30
1-3- نمونه‌برداری 30
2-3- استخراج DNA 31
3-3- نحوه استخراج DNA 33
4-3- مراحل استخراج DNA 33
5-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 34
6-3- ارزیابی کیفیت DNA با استفاده از الکتروفورز افقی ژل آگارز یک درصد 36
7-3- واکنش زنجیرهای پلیمراز 37
1-7-3- انجام واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) 37
8-3- بهینه‌سازی PCR 38
9-3- الکتروفورز محصول PCR، با استفاده از ژل پلی آکریل آمید 6% 38
10-3- روش تهیه ژل آکریل آمید 39
11-3- رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با روش نیترات نقره 40
12-3- ثبت تصاویر 40
13-3- آنالیز آماری 41
فهرست مطالب
عنوان صفحه
4- نتایج 44
1-4- نتایج حاصل از بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراجی از شگماهی براشنیکوی در مطالعه حاضر 44
2-4- نتایج حاصل از واکنش زنجیرهای پلیمراز 45
3-4- فراوانی و تعداد آللها 47
4-4- تعداد آللهای واقعی (Na) و مؤثر (Ne) 50
5-4- تنوع ژنتیکی 51
6-4- شاخص شانون 52
7-4- تعادل هاردی- واینبرگ 53
8-4- نتایج آزمون واریانس مولکولی (AMOVA) 54
9-4- شباهت و فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (Nei Index) 56
5- بحث 60
1-5- مطالعات تعداد نمونه، روش استخراج DNA و انتخاب نشانگرها 60
2-5- مطالعات تنوع ژنتیکی 61
3-5- مطالعات مربوط به تعادل هاردی- واینبرگ 65
4-5- مطالعات مربوط به تمایز جمعیتی 67
5-5- مطالعات مربوط به شباهت و فاصله ژنتیکی 68
6-5- نتیجه‌گیری کلی 69
7-5- پیشنهادات اجرایی 69
8-5- پیشنهادات پژوهشی 70
فهرست منابع 72
فهرست جدول‌ها
عنوان صفحه
جدول 1-4- جایگاه‌های ژنی مورد استفاده در این مطالعه و خصوصیات آنها 45
جدول 2-4- نتایج حاصل از ظرفیت اطلاعات چند شکلی (PIC) نشانگرهای مورد استفاده در مطالعه حاضر 45
جدول 3-4- تعداد و وزن آللهای بهدست آمده بر حسب bp در سطح شش جایگاه ژنی مورد استفاده در این مطالعه 48
جدول 4-4- فراوانی آللی مشاهده شده در سطح جایگاههای ژنی مورد مطالعه در این تحقیق 49
جدول 5-4- تعداد آللهای واقعی (Na) و مؤثر (Ne) در سطح جایگاههای ژنی مورد بررسی در پنج منطقه پراکنش شگماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) 50
جدول 6-4- مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) جمعیتهای مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاههای ژنی مورد بررسی 51
جدول 7-4- میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار ±خطای استاندار در مناطق مورد مطالعه از ماهی A. braschnikowi 52
جدول 8-4- مقادیر محاسبه شده شاخص شانون برای مناطق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاهها 52
جدول 9-4-مقادیر محاسبه شده در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ در مناطق مورد بررسی در شش جایگاه ژنی 53
جدول 10-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Fst 54
جدول 11-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Rst 54
جدول 12-4- مقادیر Fst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی 55
جدول 13-4- مقادیر Rst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی 55
جدول 14-4- مقادیر بهدستآمده از ضرایب تمایز (Fst) و درونآمیزی (Fis) در سطح جایگاه‌های ژنی مختلف در مطالعه حاضر 55
فهرست جدول‌ها
عنوان صفحه
جدول 15-4- مقادیـر جریـان ژنـی (Nm) مشـاهده شـده بین مناطـق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi 56
جدول 16-4- ماتریکس فاصله و شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (نئی، 1972) 56
جدول 17-4- خلاصهای از نتایج تخصیص جمعیتها به خود و دیگر مناطق 57
فهرست شکل‌ها
عنوان صفحه
شکل 1-3- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر 30
شکل 2-3- تصویر بیوفتومتر مورد استفاده در مطالعه حاضر 35
شکل 3-3- تصویر دستگاه الکتروفورز افقی 37
شکل 4-3- تصویری از دستگاه الکتروفورز عمودی مورد استفاده در مطالعه حاضر 39
شکل 5-3- تصویری از دستگاه مستند ساز ژل 41
شکل 1-4- تصویری از ژل آگارز یک درصد و باندهای تشکیل شده از DNA بر روی آن 44
شکل 2-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014998 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 3-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015000 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 4-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014992 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 5-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014993 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46
شکل 6-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014999 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47
شکل 7-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015004 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47
شکل 8-4- نمودار گرافیکی جدایی مناطق مورد بررسی در مطالعه حاضر 57
شکل 9-4- دندروگرام UPGMA نمونههای جمعآوری شده شگماهی براشنیکووی از مناطق مختلف بر اساس معیار شباهت ژنتیکی (نئی، 1978) 58
فصل اول
مقدمه
1- مقدمه
1-1- کلیات
دریای خزر باقیمانده دریای تتیس، به عنوان

دیدگاهتان را بنویسید